Trama Stagione

Charlie continua a prestare la sua consulenza per l'FBI, aiutando suo fratello Don nelle indagini grazie alle sue analisi. Durante un caso Don scopre che il suo fratellino non è così sprovveduto come sembra e che in realtà è dotato del massimo livello di autorizzazione, essendo un consulente dell'NSA, l'agenzia che si occupa della Sicurezza Nazionale. Alcuni dei casi che richiedono l'aiuto di Charlie riguardano attentati terroristici, e le indagini sconfinano nel mondo ovattato dell'università quando un sintetizzatore genetico in grado di riprodurre virus, viene rubato dal Cal Sci. Charlie comprende meglio quanto sia difficile la vita di Don, quando durante un'aggressione a mano armata negli uffici dell'FBI, una pallottola lo manca per un soffio. Charlie rimane talmente traumatizzato dall'incidente che considera seriamente di non prestare più la sua opera come consulente.