Trama Stagione

Gli X-Files sono stati chiusi, Scully e Mulder sono stati separati e quest'ultimo è stato assegnato a un lavoro di sorveglianza telefonica, una chiara punizione per il suo comportamento indisciplinato. A Mudler viene assegnato un nuovo partner Alex Krycek, un novellino che cerca di fare buona impressione sui suoi superiori, o almeno così sembra... Un misterioso informatore che si fa chiamare Mr. X si fa vivo e comincia a lasciare degl indizi su casi che hanno a che fare con il paranormale. Mulder decide di accettare il suo aiuto ma di non farne parola con Krycek. Durante una consulenza per una situazione con ostaggi, Mulder fa la conoscenza di Duane Barry, un uomo scappato da un reparto psichiatrico, che sostiene di essere stato rapito a più riprese dagli alieni. Dopo essere stato catturato, Barry riesce a eludere la sorveglianza e rapisce Dana. Mulder riesce a rintracciarli, ma il suo intervento è ostacolato da Krycek che in realtà è al soldo dell'Uomo che Fuma. Scully scompare misteriosamente solo per ricomparire dopo qualche tempo in un ospedale in fin di vita. Lacerato dai sensi di colpa, Mulder si trova a un bivio e deve scegliere se compromettere la sua integrità per ottenere la verità o se restare al fianco della persona che è molto più che una semplice collega. Dana si risveglia miracolosamente dal coma e ritorna agli X-Files, nel frattempo riaperti, insieme a Mulder. I due s'imbattono in un caso che coinvolge delle persone identiche tra di loro, praticamente dei cloni, che sono vittima di un cacciatore di taglie alieno. Scully e Mulder si addentrano sempre di più nella cospirazione che si nasconde dietro gli x-files e grazie all'intervento di un hacker, chiamato il Pensatore, potrebbero avere in mano le prove che stanno cercando disperatamente, per esporre l'operato del Sindacato Ombra.